Aunque Habacuc lamenta los pecados de Judá y sabe que su pueblo merece castigo, está preocupado por el resultado de las aflicciones de su pueblo. También se preocupa por el destino del instrumento que Dios usa para imponer ese castigo, los caldeos, que parecen ser bendecidos con una prosperidad siempre creciente.
Dios responde a las cordiales preguntas de su siervo, y muestra a Habacuc que el castigo de los israelitas es para su bien final, mientras que la prosperidad material de los impíos, representados por Babilonia, se desvanecerá como resultado del castigo divino.
Este libro llega a su apogeo en la "oración" del cap. 3, por medio de una descripción gráfica de la suerte de los impíos y el galardón triunfante de los justos.
En este contraste, Dios tiene el propósito de revelar al profeta cómo el creciente orgullo de los caldeos, y también el de todos los impíos, conduce a la muerte, mientras que conduce a la vida la confiada sumisión de los justos ante Dios por fe. En este énfasis sobre la santidad y la fe, Habacuc se une a Isaías como un profeta evangélico.
El libro de Habacuc proporciona una solución al problema de por qué Dios permite que prosperen los pecadores, comparable con la solución proporcionada por el libro de Job al problema de por qué Dios permite que sufran los santos.
Habacuc amaba sinceramente al Señor, y con ansia anhelaba el triunfo de la justicia, pero no podía entender por qué Dios aparentemente permitía que continuaran desenfrenados e impunes la apostasía y el crimen de Judá (Habacuc 1: 1-4; cf. Jeremías 12: 1). Dios le informa que tiene un plan para refrenar y castigar a Judá por su mala conducta, y que para eso va a utilizar a los caldeos como su instrumento (Habacuc 1: 5-11; cf. Isaías 10:5-16).
Esta explicación presenta otro problema en la mente de Habacuc: ¿Cómo puede usar Dios a una nación más impía que Judá para castigar a Judá? ¿Cómo se puede conciliar un plan tal con la justicia divina? (cap. 1: 12-17).
Temerariamente, y sin embargo con toda sinceridad e inocencia, Habacuc demanda una respuesta de Dios (cap. 2: 1). Pasando por alto temporalmente la temeridad de la pregunta de Habacuc, Dios asegura al profeta en cuanto a la certidumbre de su propósito respecto a Judá (vers. 2-3), y luego le muestra su propia necesidad de humildad y fe (vers. 4). Dios procede a enumerar los pecados de Babilonia (cap. 2: 5-19). Conoce muy bien la traición y la maldad de Babilonia y le asegura a Habacuc que él, Dios, aún rige los asuntos de la tierra. Por eso todos los hombres, incluso Habacuc, harían bien en callarse "delante de él" (vers. 20). Es decir, no deben poner en duda la sabiduría de los caminos de Dios.
Dándose cuenta de que se había extralimitado atreviéndose a desafiar la sabiduría de Dios y su voluntad, Habacuc se arrepiente humildemente. Sin embargo, al mismo tiempo su fervorosa y celosa preocupación por Judá, como el instrumento escogido del plan divino en la tierra lo induce a rogar que la justicia divina sea morigerada con misericordia (cap. 3: 1-2).
Sigue a esta oración una revelación de la gloria y el poder divinos que presenta a Dios trabajando para la salvación de sus hijos fieles, y para la derrota de sus enemigos (vers. 3-16). Termina el libro con una afirmación de confianza de Habacuc en la sabiduría y éxito final del plan divino (vers.17-19).
